Pour l'école maternelle et primaire, un Regroupement Pédagogique Intercommunal (RPI) rassemble les élèves de Fleurey-les-Faverney et Amoncourt,
Les équipements scolaires sont implantés sur les deux communes.
La communauté de communes Terres de Saône gère désormais les activités scolaires sur l'ensemble de son territoire